Tartu Herberti Masingu Koolis algab koolipäev kell 8.15. Õppetöö toimub vastavalt direktori poolt kinnitatud tunniplaanile ja kooli õppekavale.
Koolivaheajad õppeaastal 2012/2013. õppeaastal:
1) sügisvaheaeg 20. oktoober 2012. a kuni 28. oktoober 2012. a;
2) jõuluvaheaeg 22. detsember 2011. a kuni 6. jaanuar 2013. a;
3) kevadvaheaeg 16. märts 2013. a kuni 24. märts 2013. a;
4) suvevaheaeg (v.a lõpuklassid) 5. juuni 2013. a kuni 31. august 2013. a.
Eksamiperioodi algus 2012/2013. õppeaastal:
1) põhikooli lõpetamiseks 31. mai – 14. juuni 2013. a;
2) gümnaasiumi lõpetamiseks 29. aprill – 11. juuni 2013. a.
Põhikooli- ja gümnaasiumieksamid toimuvad vastavalt haridus- ja teaduministri poolt kehtestatud ajagraafikule (vt Haridus- ja teaduministeerium).
Jooksva aasta õppetöö korraldusse puutuvad küsimused otsustab õppenõukogu, lähtudes kooli arengukava prioriteetidest. Otsused kinnitab direktor oma käskkirjaga (vt dokumendiregister).
Õppetöö paremaks korraldamiseks on koolis moodustatud järgmised ainesektsioonid:
1) klassiõpetajate ainekomisjon;
2) klassijuhatajate ainekomisjon (Kolleegium);
3) looduainete ainekomisjon;
4) humanitaarainete ainekomisjon;
5) reaalainete ainekomisjon;
6) võõrkeelte ainekomisjon;
7) struktureeritud õpikeskkonnaga klasside sektsioon (SÕKS)
Tugiõpet ja tervisekaitset kureerib kooli tervisenõukogu.
Jooksvaid küsimusi arutatakse igal neljapäeval toimuval juhtkonna nõupidamisel. Jooksva info edastamine kollektiivile (koos sisekoolitustega) toimub iganeljapäevases infotunnis algusega kell 15.00, samuti töötajate infolisti ja infostendi (asub õpetajate toas) kaudu.
Õpilastele vajalik info edastatakse e-kooli ja klassijuhatajatundide kaudu. Lastevanematele vajalik tagasiside toimub läbi e-kooli, samuti lastevanemate klassi- ja üldkoosolekul ning arenguvestlustel.