Tartu Herberti Masingu Koolis algab koolipäev kell 8.15. Õppetöö toimub vastavalt direktori poolt kinnitatud tunniplaanile ja kooli õppekavale.
Koolivaheajad õppeaastal 2010/11.:
1) sügisvaheaeg 23. oktoober 2010. a kuni 31. oktoober 2010. a;
2) jõuluvaheaeg 24. detsember 2010. a kuni 9. jaanuar 2011. a;
3) kevadvaheaeg 19. märts 2011. a kuni 27. märts 2011. a;
4) suvevaheaeg 4. juuni 2011. a kuni 31. august 2011. a.
Eksamiperioodi algus 2010/2011. õppeaastal:
1) põhikooli lõpetamiseks 6.–16. juuni 2011. a;
2) gümnaasiumi lõpetamiseks 25. aprill–15. juuni 2011. a.
Põhikooli- ja gümnaasiumieksamid toimuvad vastavalt haridus- ja teaduministri poolt kehtestatud ajagraafikule (vt Haridus- ja teaduministeerium).
Jooksva aasta õppetöö korraldusse puutuvad küsimused otsustab õppenõukogu, lähtudes kooli arengukava prioriteetidest. Otsused kinnitab direktor oma käskkirjaga (vt dokumendiregister).
Õppetöö paremaks korraldamiseks on koolis moodustatud järgmised ainesektsioonid:
1) klassiõpetajate ainekomisjon;
2) klassijuhatajate ainekomisjon (Kolleegium);
3) looduainete ainekomisjon;
4) humanitaarainete ainekomisjon;
5) reaalainete ainekomisjon;
6) võõrkeelte ainekomisjon;
7) struktureeritud õpikeskkonnaga klasside sektsioon (SÕKS)
Tugiõpet ja tervisekaitset kureerib kooli tervisenõukogu.
Jooksvaid küsimusi arutatakse igal esmaspäeval toimuval juhtkonna nõupidamisel. Jooksva info edastamine kollektiivile (koos sisekoolitustega) toimub iganeljapäevases infotunnis algusega kell 15.00, samuti töötajate infolisti ja infostendi (asub õpetajate toas) kaudu.
Õpilastele vajalik info edastatakse esmaspäevastel infovahetundidel (eraldi algklassidele ning kesk- ja gümnaasiumiastmele) ning e-kooli ja klassijuhatajatundide kaudu. Lastevanematele vajalik tagasiside toimub läbi e-kooli, samuti lastevanemate klassi- ja üldkoosolekul ning arenguvestlustel.